Считается, что было минимум 200 000 Балтийских кольчатых нерп в начале 20-ого столетия. Интенсивная охота и загрязнение, однако, значительно сократили их численность. Охота уменьшала популяционную численность нерп до приблизительно 25 000 особей в 1940-ых годах, в то время как репродуктивный "отказ" (самки не успевали созревать для того, чтобы рожать потомство) привел к значительному сокращению численности, до приблизительно 10 000 особей, в 1970-ых годах. Охота на эти разновидности постепенно стала ограничиваться в нескольких странах, и затем была полностью запрещена по всему Балтийскому морю в 1988 году в соответствии с Рекомендацией 9/1 Хельсинской Комиссии (HELCOM). Недавно, однако, появились сообщения, что давление от правительств некоторых стран, особенно Финляндии и Швеции, скорее всего, приведет к тому, что Рекомендации будут изменены, чтобы повторно позволить охотиться на различные разновидности тюленей в Балтийском море, а это в свою очередь приведет к полному исчезновению этих животных. Научные исследования, проводимые в течение нескольких десятилетий и законченные в 1997 году, с высокой долей вероятности свидетельствуют о том, что уровень охоты, который мог бы позволить популяции Балтийских кольчатых нерп размножатся и выжить, близок к нолю. Численность балтийских кольчатых нерп только теперь начинает постепенно увеличиваться, и все еще существуют опасения, что жизнеспособность популяции нерп Финского залива очень низка.

Ядовитые химикаты и тяжелые металлы в сильно загрязненном Балтийском море стали причиной патологических изменений, болезней и понизили репродуктивную способность кольчатых нерп. Хотя меры были приняты, и эта проблема была уменьшена до некоторой степени, экологические загрязнители остаются большой угрозой здоровью популяции кольчатых тюленей. Вызванные внешним загрязнением внутриутробные заболевания приводят к значительному снижению репродуктивной нормы. Они в значительной степени были вызваны органохлоринами, такими как PCBs, и достигли своего максимума в конце 1970-ых годах, но все еще весьма распространены у нерп, обитающих в водах Ботнического залива. Существенный процент самок в Ботническом заливе бесплоден в результате этих заболеваний. Неизвестная, но значительная пропорция молодняка в популяции Финского залива умерла от потопления и удушья в 1991-1992 гг. Хотя самой вероятной причиной этой смертности было нейротоксическое отравление, досконально причины все еще не изучены. МЧС России сообщило в декабре 1998 года, что свалки химических средств в Балтийском море вызывают загрязнение мышьяком и тяжелыми металлами у животных.

Несколько десятков кольчатых тюленей, главным образом молодых тюленей, умирают каждый год, запутываясь в рыболовных сетях и пропеллерных механизмах лодок. Дополнительная угроза популяции происходит из-за разрушений гнезд кольчатых тюленей движением суден через лед. В настоящее время считается, что строительство и развитие нефтяных и химических терминалов в Финском заливе, наряду с увеличенным движением суден в области, могут вызвать снижение и без того небольшой популяции кольчатых нерп, а также увеличить потенциальный риск образования нефтяных пятен. Балтийские кольчатые нерпы внесены в Красную Книгу IUCN как Уязвимый вид, и как разновидность подвергаемая исчезновению в Appendix III согласно Бернскому Соглашению. Разновидность также законодательно защищена в различных странах в пределах своего диапазона обитания.