Считается, что было приблизительно 700 сайманских тюленей в начале 20-ого столетия. Охота впоследствии привела к тому, чтобы были убиты многие особи из этой популяции, и эта разновидность была также уничтожена полностью в некоторых частях озера рыбаками. В 1955 году Финские власти издали закон, чтобы защитить сайманских тюленей от полного исчезновения. Однако их численность продолжала стремительно уменьшаться, и только 180 особей насчитывалось к началу 1980-ых годов, после чего были предприняты усилия для стабилизации численности популяции. Высокая смертность молодого потомства этой разновидности была важным фактором в снижении уровней популяции, и многие ученые считают, что в этом повинно вероятное ртутное загрязнение вод озера. Охота на сайманских тюленей запрещена.

Озеро Саймаа имеет несколькими водными бассейнов, связанных друг с другом узкими проливами. Есть приблизительно 10 областей для размножения сайманских нерп, и возможно, из-за особенностей образования поверхности озера, популяция нерп разделена на два или больше поселения. Некоторые области обитания тюленей были сохранены нетронутыми людьми, начиная с 1982 года. Два национальных парка в настоящее время покрывают области в пределах диапазона обитания тюленей, в то время как национальная программа сохранения береговой линии предполагает установление дополнительной защиты для 6-8 областей для размножения нерп после 2006 года. Metshallitus (Финский Отдел Лесов и Парков), агентство, которое ответственно за контроль и защиту этих разновидностей, стремится поднять численность сайманаских тюленей до, минимум, 400 особей, к 2025 году. Популяция в настоящее время медленно растет, приблизительно на 2 % ежегодно, из-за предпринятых мер по защите животных.

Самая серьезная угроза сайманским тюленям теперь заключается в вылове рыбы, а также некоторые тюлени, особенно подростки, умирают из-за того, что попадаются в рыболовные сети. В попытке решить эту проблему, были подписаны добровольные соглашения, которые запрещают вылов рыбы вокруг главных гнездовий птиц с 15 апреля до 30 июня, покрывая область длиною в 325 км. Эта область покрывает приблизительно 50 % логовищ для рождения потомства нерп. Другие важные угрозы в настоящее время - это строительство домов вдоль береговой линии, движение снегоходов, и развитие туризма в областях вокруг озера, которые разрушают подходящую среду обитания для этой разновидности и вызывают волнение среди животных, что мешает им, особенно во время зимнего сезона спаривания. Загрязнение озера ядовитыми химикатами и тяжелыми металлами было серьезной проблемой в прошлом, но уровни загрязнения озера, и концентрация загрязнителей в тканях сайманских тюленей значительно уменьшились за прошлые 15-20 лет.

Были проблемы в прошлом с логовищами для рождения потомства сайманских тюленей, разрушающимися из-за изменений в уровне воды зимой, вызывая высокую смертность среди щенков. До 1991 года это было вызвано регулированием воды для гидроэлектростанции, но такое искусственное понижение уровней озера теперь не разрешено во время периода постоянного ледяного покрытия. Естественное понижение уровней озера время от времени происходит, но его влияние было уменьшено в последние годы искусственным регулированием вод двух озер, воды которых впадают в Озере Саймаа. Сайманские Тюлени внесены как Подвергаемая опасности разновидность в Красную Книгу IUCN и в Appendix II согласно Бернскому Соглашению.