По климатическим и гидрологическим условиям Японское море исключительно контрастно. В связи с этим в видовом составе и особенностях распределения морских животных, в том числе морских птиц, в различных районах и в различные сезоны наблюдаются большие различия. В северной части моря (в основном в Татарском проливе) гнездятся преимущественно северо-бореальные виды.

У берегов Приморья, Кореи, Сахалина и Хоккайдо вместе с широко распространенными бореальными видами обитают также южно-бореальные виды, а в юго-восточной части моря среди гнездящихся видов основу населения составляют субтропические птицы.

Северная и северо-западная части Японского моря, находящиеся под влиянием холодного дыхания азиатского материка, зимой сильно охлаждаются.

В январе средняя месячная изотерма воздуха 0° проходит примерно от Корейского залива к Сангарскому проливу. У берегов Приморья в этом месяце средняя температура составляет около минус 7°, а на севере Татарского пролива — минус 19°. В северных районах моря до отрицательных температур охлаждаются зимой поверхностные воды, почти весь Татарский пролив и часть шельфа Приморья покрываются льдами.

Южная и юго-восточная части моря, находящиеся под отепляющим влиянием Цусимского течения и Тихого океана, значительно теплее. Средняя температура января здесь 5°, а поверхностные воды вдоль Хонсю и на юге моря имеют температуру 7—13°.